研究院实行院长负责制，由学校党委书记担任院长，设学术委员会和学科建设咨询委员会作为学术指导和顾问机构，下设一个行政办公室和四个研究中心：国家安全思想与理论研究中心、国家安全战略研究中心、国家安全治理研究中心、战略腹地发展与安全研究中心。
